1968 wurde der erste Erdgasliefervertrag mit der damaligen UdSSR unterzeichnet und damit der Grundstein zum Aufbau der Erdgasversorgung im Burgenland gelegt. Dieser Vertrag war Basis für eine energiepolitische Entscheidung der Burgenländischen Landesregierung. Den aufstrebenden Industriebetrieben im Raum Eisenstadt und Mattersburg sollte eine Energiealternative neben Erdöl angeboten werden.
1970 versorgte die BEGAS ab 29. September den ersten burgenländischen Industriebetrieb mit Erdgas.
1981 wurden am 23. November die Vorläufergesellschaften BEGAS - Burgenländische Erdölgewinnungsgesellschaft m.b.H. und BGV - Burgenländische Gasversorgungsgesellschaft m.b.H. zur BEGAS - Burgenländische Erdgasversorgungsgesellschaft m.b.H. fusioniert. Diese wurde am 10. Mai 1982 in eine Aktiengesellschaft (Eigentümer Land Burgenland und erdgasversorgte burgenländische Gemeinden) umgewandelt.
1990 wurden am 4. April die Landesanteile in die Burgenland Holding AG eingebracht. Kurz darauf erfolgte die Teilprivatisierung der Gesellschaft. Ab diesem Zeitpunkt war das Land Burgenland nicht mehr Mehrheitseigentümer. Aktionäre der BEGAS sind die in der BEGAS - Gemeindeanteilsverwaltung AG zusammengeschlossenen erdgasversorgten burgenländischen Gemeinden mit 51 % und die Burgenland Holding AG mit 49 %.
2002 brachte die völlige Liberalisierung des österreichischen Erdgasmarktes Neuerungen. Die damit verbundenen gesetzlichen Bestimmungen erforderten die Trennung von Erdgashandel und Netzbetrieb. Neben der für den Netzbetrieb verantwortlichen BEGAS – Burgenländische Erdgasversorgungs-AG wurden für den Erdgashandel die BEGAS Energievertrieb GmbH & Co KG und für die Energiedienstleistungen die BEGAS – Wärme & Service GmbH im Oktober 2002 gegründet.
2009 wurden am 1. Oktober aufgrund von Umstrukturierungsmaßnahmen die Firmen BEGAS – Wärme & Service GmbH, BEGAS Kraftwerk GmbH und die Biomassekraftwerk Oberpullendorf Errichtungs- und Betriebs GmbH in die BEGAS – Burgenländische Erdgasversorgungs-Aktiengesellschaft verschmolzen. Anschließend wurde bei der BEGAS - Burgenländische Erdgasversorgungs-Aktiengesellschaft die Änderung der Firmenbezeichnung auf BEGAS Energie AG vorgenommen. Zeitgleich mit den Verschmelzungen wurde der Netzbereich in die BEGAS Netz GmbH abgespalten.